Estão sob a coordenação do SOPESP, o Comitê de SSMA - Saúde, Segurança e Meio Ambiente e o Comitê Jurídico, que sob as diretrizes estabelecidas pelo Conselho Diretor do SOPESP e para quem os trabalhos são direcionados, realizam reuniões periódicas para a discussão e apresentação de informações e propostas que orientam as decisões estratégicas sobre temas de interesse dos operadores portuários.
Os comitês são formados por representantes dos operadores portuários associados, liderados por assessores especializados contratados pelo SOPESP e acompanhados pela assessoria institucional, possibilitando a troca de experiências e informações, promovendo soluções para as questões enfrentadas.
Sempre que necessário são criados grupos de trabalho para tratar de assuntos específicos que demandam um direcionamento e atuação especial dos envolvidos.
Nos comitês são tratados diversos assuntos de interesse comum dos associados, como estudos de casos em acidentes relevantes e prevenção, Normas Regulamentadoras e Regras da Autoridade Portuária, IBAMA, ANTAQ e ANVISA.